Πέραν των διδασκομένων μαθημάτων, κάθε φοιτητής/ρια υποχρεούται να εκπονήσει μία Διπλωματική Εργασία, το θέμα της οποίας επιλέγεται σε συνεργασία με τον/ην Επιβλέποντα/ουσα Καθηγητή/τρια. Η παρακολούθηση και εξέταση της Διπλωματικής Εργασίας γίνεται από τριμελή Εξεταστική επιτροπή. Το θέμα της εργασίας, όπως και η επιλογή των μελών της Εξεταστικής Επιτροπής εγκρίνεται από την Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών με βασικό κριτήριο τη συγγένεια του γνωστικού τους αντικειμένου με το πεδίο έρευνας του θέματος.
Η επιλογή του θέματος της Διπλωματικής Εργασίας γίνεται κατά τη διάρκεια της 2ης περιόδου μαθημάτων για τους φοιτητές/τριες του Προγράμματος Πλήρους Φοίτησης και κατά τη διάρκεια της 4ης περιόδου μαθημάτων για τους φοιτητές του Προγράμματος Μερικής Φοίτησης. Η εκπόνησή της αρχίζει μετά το τέλος των εξετάσεων του Μαΐου και λήγει το τέλος Σεπτεμβρίου του ίδιου έτους. Ωστόσο, κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής/τρια είναι ελεύθερος/η να ξεκινήσει ανεπίσημα τη διαδικασία νωρίτερα συνεργαζόμενος/η με εκείνον/η τον/ην διδάσκοντα/ουσα που οι γνώσεις και τα ενδιαφέροντά του πλησιάζουν περισσότερο το θέμα.
Η διαδικασία εκπόνησης της εργασίας ολοκληρώνεται με τη δημόσια παρουσίασή της ενώπιον των μελών της εξεταστικής επιτροπής αλλά και οποιουδήποτε έχει την επιθυμία να την παρακολουθήσει.
Η εκπόνηση της Διπλωματικής Εργασίας αποτελεί σημαντική ευκαιρία για τον/ην φοιτητή/ρια να εφαρμόσει τις γνώσεις που απόκτησε κατά τη διάρκεια του έτους και να παρουσιάσει μια ολοκληρωμένη εργασία. Για το λόγο αυτό το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα ενθαρρύνει τους φοιτητές/ριες να επιλέγουν επίκαιρα και ενδιαφέροντα θέματα που αφορούν συγκεκριμένες επιχειρήσεις. Ιδιαίτερα ενθαρρύνει τους φοιτητές/ριες που εργάζονται να επιλέγουν θέματα που αφορούν την επιχείρηση ή τον οργανισμό που απασχολούνται.
Το σύνολο των ερευνητικών δραστηριοτήτων του MBA, συμπεριλαμβανομένων των διπλωματικών και άλλων εργασιών, είναι πλήρως εναρμονισμένες με τις βασικές αρχές Ηθικής και Δεοντολογίας της Έρευνας, όπως αυτές αποτυπώνονται στον Κανονισμό Αρχών Και Λειτουργίας Της Επιτροπής Ηθικής Και Δεοντολογίας Της Έρευνας (Ε.Η.Δ.Ε.) του ΓΠΑ. Ο Κανονισμός Δεοντολογίας της Έρευνας του ΜΒΑ εφαρμόζεται σε όλες τις ερευνητικές δραστηριότητες που διεξάγονται εντός ή εκτός των χώρων του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών και στις οποίες είναι επιστημονικά υπεύθυνος μέλος του εκπαιδευτικού και ερευνητικού (μόνιμου ή συνεργαζόμενου) προσωπικού του.
