Το ΠΜΣ «Οργάνωση και Διοίκηση Επιχειρήσεων Τροφίμων και Γεωργίας» ιδρύθηκε το 1997 στο πλαίσιο του προγράμματος ΕΠΕΑΕΚ από τα Τμήματα «Αγροτικής Οικονομίας και Ανάπτυξης» και «Επιστήμης των Τροφίμων και Διατροφής του Ανθρώπου» του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών. Λειτούργησε για πρώτη φορά το ακαδημαϊκό έτος 1998-99 ως πρόγραμμα πλήρους φοίτησης (full time).

Έως το 2004 λειτουργούσε με τη συγχρηματοδότηση της Ευρωπαϊκής Ένωσης μέσω του Επιχειρησιακού Προγράμματος Εκπαίδευσης και Αρχικής Επαγγελματικής Κατάρτισης (Ε.Π.Ε.Α.Ε.Κ.). Μετά το 2004 το Πρόγραμμα χρηματοδοτείται από τα δίδακτρα των φοιτητών και χορηγίες επιχειρήσεων.

Το 2013 δημιουργήθηκε το Πρόγραμμα Μερικής Φοίτησης (part time) για να καλύψει τις ανάγκες των υποψηφίων φοιτητών που εργάζονται.

Από την ίδρυση του Προγράμματος έως το 2001, Διευθυντής ήταν ο κ. Παναγιώτης Πατσής. Στη συνέχεια, την περίοδο 2001-2012, Διευθυντής ανέλαβε ο κ. Πέτρος Σολδάτος, ενώ από το 2012 έως το 2016 τη θέση κατείχε ο κ. Στέλιος Ροζάκης. Από το 2016 έως το 2018, Διευθυντής ήταν ο κ. Παναγιώτης Λαζαρίδης και από τότε τη θέση ανέλαβε ο κ. Ευστάθιος Κλωνάρης, του οποίου η θητεία συνεχίζεται μέχρι και σήμερα. Όλοι τους είναι μέλη ΔΕΠ του Τμήματος Αγροτικής Οικονομίας και Ανάπτυξης.